Потребность в устойчивой аквакультуре способствовала исследованиям в области использования пробиотиков в водных организмах. Первоначальный интерес был сосредоточен на их использовании в качестве стимуляторов роста и для улучшения здоровья животных; однако были обнаружены новые области, такие как их влияние на воспроизводство или устойчивость к стрессу, хотя это требует более научной разработки.

Рост аквакультуры как отрасли ускорился за последние десятилетия; это привело к нанесению ущерба окружающей среде и низкой производительности различных культур. Потребность в повышении устойчивости к болезням, росте водных организмов и эффективности кормления привела к использованию пробиотиков в практике аквакультуры. Первое применение пробиотиков произошло в 1986 году для проверки их способности увеличивать рост гидробионтов (организмов, живущих в воде). Позднее пробиотики использовались для улучшения качества воды и контроля бактериальных инфекций. В настоящее время имеются документальные доказательства того, что пробиотики могут улучшать усвояемость питательных веществ, повышать устойчивость к стрессу и стимулировать воспроизводство.